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何基沣1918年考入北京清河陆军军官预备学校。
1923年于保定陆军军官学校毕业,在冯玉祥部历任排长,连长,营长,团长,第五师旅长、副师长。曾参加北伐战争。
1929年在北平入陆军大学特别班学习,并加入中国国民党。
1932年起,在宋哲元的第二十九军任三十七师副旅长、旅长。
1933年长城抗战中,曾参与指挥喜峰口作战。
1937年率所部一一〇旅驻防卢沟桥地区,七七事变中,他指挥部队抗击日军。后任第一七九师师长。
1938年春秘密赴延安,曾受到毛泽东等中共领导人的接见,后仍回原部队。1939年1月秘密加入中国共产党。
1940年任国民党军第七十七军副军长兼一七九师师长。
1943年任七十七军军长。抗日战争胜利后,任国民党军第三十三集团军副司令。
1946年任徐州绥署第三绥靖区副司令官。在抗日战争和解放战争期间,曾与新四军第四、第五师建立联系,并对中共领导的军队向鄂豫皖边地区发展和建立大别山根据地起了重要作用。
1948年在淮海战役中,与张克侠率国民党军第五十九军、第七十七军2万余官兵于贾旺、台儿庄防地起义。
1949年2月任人民解放军第三十四军军长,参加渡江战役。南京解放后,兼任南京警备司令部副司令员、第一副司令员。
1952年任华北行政委员会水利局局长。
1954年起,任水利部副部长、国务院水土保持委员会副主任兼秘书长。
1955年被授予一级解放勋章。
1958年任农业部副部长。
曾被选为第五届全国政协常务委员。
逝世后,按照他的遗愿,骨灰分别撒在卢沟桥和淮海战场。