这时候，乾隆皇帝极力为陈辉祖开释，他说：“朕断不肯因其弟株连，遽置重典。陈辉祖尚属能事，著加恩免其治罪，降为三品顶带，各留本任。”
尽管如此，乾隆皇帝还是想宽容待之。他特地降旨，将斩立决改为斩监候。只是在后来，新任闽浙总督富勒浑、浙江巡抚福崧等连章劾奏，以闽浙两省仓谷亏空等情实，证实了陈辉祖为政之贪。乾隆帝这才迫于形势，赐陈辉祖自尽。