除了开科取士，李自成虽也依靠牛金星等人陆续招募一些明朝进士，担任中央机构的官职，但也只是让这些归顺的进士担任具体的行政职务，未曾任用他们充当谋士顾问，说明他对高层次的知识分子还是心存疑忌。即使崇祯十七年攻占北京后，李自成也只录用四品以下的明朝降官，“三品以上独用故侍郎侯恂”，那是因为侯恂被崇祯关进了监狱，以为他必定恨透明王朝，可为农民军所用。不仅如此，李自成还规定，所有大顺政权的文官一概受武将即起义农民将领的节制。就是这些被任用的明朝降官中，李自成也从未认真征询过他们对天下大势及治国治军的意见。其实，这三千名降官中，不乏对全国形势有清醒认识并具治国治军才干者，其中有的后来降清，就被清廷擢任六部尚书甚至大学士，为清廷剿灭农民军和南明的抗清武装、确立统治地位立下了汗马功劳。